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背景介绍：

近年来，靶向蛋白降解（targeted protein degradation, TPD）作为一种创新的治疗策略，通过药物分子干预蛋白质的表达来达成疾病治疗的目标，其中PROTAC（proteolysis targeting chimeras）药物尤为引人注目。

蛋白水解靶向嵌合体（PROTAC）药物是一种双功能分子，可以与靶向蛋白结合，并招募泛素E3连接酶进行降解。因此，PROTAC和分子胶等新型小分子偶联药物能够改变内源性蛋白质的丰度，这为蛋白质靶点，尤其是难成药蛋白质提供了一种新的药物开发策略。全面量化"正靶"和"脱靶"蛋白质的丰度已成为 TPD 药物研发的标准实验之一。

技术平台：

ju11net九州体育生物开发了多种定量化学蛋白质组学技术平台，其创新的技术平台能够在单一细胞系中对超过5,000个蛋白质进行精确的定性定量分析，为全面的靶点选择性分析提供了强有力的支持。其中，基于TMT（Tandem Mass Tag）标记的多重定量蛋白质组学技术平台，该技术首先对蛋白降解剂处理的细胞样本进行全蛋白质组提取，通过酶解和多重定量标记步骤处理后混合。为了提升蛋白质组覆盖深度，通常利用液相色谱对肽段样品预分级，然后通过质谱检测分析样本间的蛋白丰度差异，解析关键靶点信息和选择性数据，为蛋白降解剂的开发和优化提供评估与指导。此外，ju11net九州体育生物还开发了基于DIA（数据非依赖采集，Data independent acquisition）的技术平台，在蛋白质组鉴定深度上有进一步提升。

服务内容：

实验案例：

项目需求：针对理性设计的PROTAC分子，在细胞中确定其对靶点的降解效果，及潜在的脱靶蛋白。

数据展示：分别利用免疫印迹和质谱方法对目标蛋白的丰度进行定量分析。

在一次实验中对肿瘤细胞系中5900个蛋白进行定量分析，成功确定PROTAC1（图2）和PROTAC2（图3）的降解蛋白以及其他潜在的脱靶蛋白。